跨年倒數及煙花音樂匯演過後，一度有大批旅客凌晨滯留在跨境直通巴站頭及港鐵上水站候車。運輸署表示，會審視今次情況，與相關部門商討能否優化通關安排，方便跨境巴等的流轉速度，考慮的措施包括在關口前的路段，安排一些行車線專門給這些巴士，其他車輛則使用其他行車線。
運輸署首席運輸主任王伯健在一檔電調節目說，在煙花匯演前，署方留意到南下的旅客較多，在12月31日中午已經要求直通巴營辦商「加人加車」，例如安排旺角線的凌晨服務由每15分鐘一班，增至每10分鐘一班。他說，在1月1日凌晨約3時前，整體直通巴的班次仍是較頻密，但其後關口較為擠塞，很多直通巴士困在公路，無法立即完成北行班次再返回市區。
凌晨後港深之間只有皇崗口岸維持客檢服務，王伯健說皇崗口岸正進行重建並使用臨時設施，去年初恢復通關後，這個口岸出入境人流每天共約3萬人次，但煙花匯演後、即凌晨12時至清晨6時，有超過2萬6千名旅客利用這口岸離開本港返回內地，短時間內出現大量人流。
他說在煙花匯演前，已發現今次比以往有較多來自深圳的旅客，當天已即時聯繫直巴營辦商。但今次觀賞煙花後不留港並即時返內地的旅客數目，較署方預估已很高的數字更高。